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Arsene Lupin |
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World Community Grid, c'est quoi ?
World Community Grid est un projet sous la plateforme de calcul partagé BOINC qui a la particularité de mettre à disposition de groupes de scientifiques la logistique nécessaire à l'expérience du calcul partagé.
Une Commission consultative (dont Mme Ligia Elizondo, membre du PNUD, Programme des Nations Unis pour le développement) choisit les projets en fonction de l'intérêt que les résultats peuvent apporter à l'humanité dans les domaines des sciences médicales et des sciences humaines. C'est la puissance regroupée de nos ordinateurs individuels, de bureau, ou dans les établissements scolaires qui permettent de faire avancer la recherche.
Pour pouvoir bénéficier du WCG, les chercheurs doivent signer un contrat qui les engagent à ce que les recherches menées soient du domaine public.
Pour soumettre un projet les scientifiques doivent notament répondre à plusieurs questions, notament celle-ci
10. Afin d'avoir le plus grand impact, tous les résultats trouvés grâce au calcul sur World Community Grid doivent rester dans le domaine public. De quelle façon proposez-vous de rendre les résultats du projet disponible à la communauté scientifique ?
Quelles sont les projets que WCG met à disposition ?
FightAIDS@Home (projet lancé le 21 novembre 2005 ) :le Programme commun des Nations Unies sur le VIH/SIDA , a estimé qu'en 2004, plus de 40 millions de personnes dans le monde étaient porteuses du VIH, le virus de l'immunodéficience humaine. Des thérapies existent pour freiner l'avancée de la maladie. Cependant aucune thérapie ne permet d'annuler la lente évolution de la maladie à l'intérieur de l'organisme. De plus ces thérapies sont soumises à des brevets et les pays pauvres qui sont les plus touchés par ce virus n'ont pas les moyens de les acheter aux grosses multinationnales pharmaceutiques. Le Laboratoire Moléculaire du Professeur Arthur J. Olson, de l'institut The Scripps Research Institute (TSRI) étudie les moyens informatiques de concevoir de nouveaux médicaments anti-VIH à partir des structures moléculaires. Le calcul consiste à comparer des centaines de milliers de molécules naturelles à des centaines de protéase du HIV. La recherche peut alors se résumer à rechercher une molécule qui pourrait parfaitement s'adapter à une protéase. C'est un peu comme si on avait devant nous des centaines de milliers de clés et une centaine de serrures, les différentes combinaisons sont extrêment nombreuses. C'est Emil Fischer , qui en 1894, a proposé l'idée que les enzymes et leurs substrats doivent s'adapter ensemble comme une serrure et une clef. Si les recherches aboutissent les éventuels vaccins ou médicaments seraient accessibles aux pays pauvres, qui auraient les droits pour les produire et les distribuer sur place à la population atteinte par le virus.
Nous sommes actuellement sur le point de finir la 5 ème phase du projet qui avait pour but d'étudier les interactions entre les molécules de la base de données Binding et la protéase du VIH avec et sans la molécule d'eau structurale de l'enzyme.
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Repliement du protéome humain - Phase 2 (Human Proteome Repliement 2) (projet lancé le 25 Juin 2006) HPF2 continue où la première phase du projet s'est arretée. Les deux objectifs principaux du projet sont :
1) obtenir des structures ayant une meilleure résolution pour certaines protéines humaines et protéines pathogènes.
2) explorer le plus loin possible vers les limites de la prévision de structure de protéine par davantage de prévision en développant l'application Rosetta.
Ainsi, le projet se donne deux objectifs parallèles très importants, un biologique et un autre biophysique.
Le responsable du projet HPF2 est un ancien étudiant du Dr David Baker ( reponsable du projet Rosetta@Home ), les deux projets utilisent donc la même application de prédiction de la structure des protéines (Rosetta)
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Fiocruz Genome Comparison (projet lancé le 17 Novembre 2006) : Fiocruz Genome Comparison est un projet de l' Institut Oswaldo Cruz au Brésil. Il consiste à comparer une par une les séquences des protéines. Les résultats seront standardisés grâce à un ensemble structuré de vocabulaire appelé Ontologie de gène ( www.geneontology.org/ ) ainsi qu'un index de similitude pour fournir une aide inestimable aux biologistes consultant la base de donnée. Le projet utilisera l'outil de comparaison SSEARCH de W.R. Pearson , une adaption librement utilisable de l'algorithme Smith-Waterman qui trouve de façon mathématique le meilleur alignement local entre les paires de séquences.
A chaque fois que les scientifiques auront séquencés de nouveaux génomes, ils pourront l'ajouter à la base de données pour calculer les similarités avec d'autres protéines, contribuant ainsi à l'information de communauté scientifique dans sa globalité.
A noter que le but du projet est le même que pour Simap , il n'y a que la méthode qui diverge. Simap utilise l'algorithme FASTA, alors que Genome Comparison utilise SSEARCH. Fasta a pour avantage de présenter une grande rapidité mais il est un peu moins sensible que SSEARCH qui permet en principe d'obtenir des résultats plus exhaustifs.
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Lutte contre le cancer (Help Defeat Cancer) (projet lancé le 19 juillet 2006) Le projet est construit autour d'une nouvelle technique innovante appellée tissue microarrays ( microdammiers à tissus). Cette technique est un nouvel outil d'investigation permettant aux médecins de fournir un pronostic précis aux patients atteinds du cancer ( nature et degré d'évolution du cancer ), elle permet ensuite de connaitre quelles thérapies ou combinaisons de traitements ont les plus grandes chances d'être efficaces pour un patient donné. Cependant cette technique a un gros inconvénient puisqu'elle est soumise à la subjectivité du médecin, les erreurs de diagnostics peuvent alors être très fréquentes. Le but du projet Help Defeat Cancer est une analyse des tissus cancéreux par ordinateur qui garantira l'objectivité, la reproductibilité et la sensibilité de la technique. Les médecins pourront donc s'appuyer sur ce diagnostic informatique pour renforcer où infirmer leur propre diagnostic. A terme le projet disposera d'une énorme base de donnée de microdammiers à tissus toutes correspondants à un type de cancer et à un stade différent de la maladie. Cette base de donnée sera alors consultable par tout les médecins à travers le monde, les tissus cancéreux du patient de ce médecin pourront alors être analysés, archivés et partagés automatiquement, pour fournir un diagnostic informatique extremement précis.
Les unités sur ce projet sont en nombre relativement limité, en outre 1024 Mo de mémoire vive sont recquis pour pouvoir participer.
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Help Cure Muscular Dystrophy (Lutte contre la Dystrophie Musculaire , Decrypthon) (Projet lancé le 20 décembre 2006) :
Il s'agit d'étudier la modélisation des interactions protéine-protéine de 40 000 protéines dont la structure tridimensionnelle (structure 3D) est connue, en se concentrant sur les protéines qui jouent un rôle dans les maladies neuromusculaires. Ce projet correspond à l'un des trois projets de grid computing en cours sur le Decrypthon : le projet A. Carbone. Les 2 autres projets sont présent uniquement sur des grilles universitaires (Bordeaux I, Lille I, Paris VI, Orsay, l'ENS Lyon et du Crihan à Rouen). Les recherches du Decrypthon sont financées en partie par les dons reçus lors du Téléthon. Donner son temps libre processeur à Help Cure Muscular Dystrophy c'est donc un complément logique aux mobilisations effectués tout les ans lors du Téléthon. Les programmes du Decrypthon sont sélectionnés et mis en oeuvre par l' AFM (Association Française contre les myopathie) et le CNRS.
Le projet se déroulera en 2 phases : La première phase devrait durer 2 mois, et ne sera disponible que sur l'UD Agent et sur Windows . Après ces 2 mois, les scientifiques du projet vont examiner les résultats. Si les résultats sont concluant, les chercheurs mettront en place les bases de la deuxième phase du projet. Cette deuxième phase commencera en Août 2007, elle sera beaucoup plus longue puisque cette fois-ci on entrera dans le vif du sujet.
Que sont les maladies neuromusculaires et la myopathie de Duchenne ?
Le terme générique « maladie neuromusculaire » désigne un groupe de maladies (plus de 200 au total) qui affectent le fonctionnement des muscles, soit en touchant directement le muscle, soit indirectement en touchant le nerf moteur ou la jonction entre le nerf et le muscle. La plupart de ces maladies sont rares (moins d'une personne sur 2 000 est affectée), elles sont d'origine génétique (80% des cas) et affectent aussi bien les enfants que les adultes. Ces maladies chroniques conduisent à une diminution de la force musculaire et occasionnent un handicap sévère de la fonction motrice (mouvements, respiration, etc.). Les manifestations de ces maladies sont variables. Certaines sont progressives alors que d'autres peuvent rester stables durant plusieurs années. De plus, la même pathologie peut produire des symptômes différents d'une personne à l'autre. Malgré les avancées des approches thérapeutiques, il n'existe à ce jour aucun traitement curatif disponible pour traiter ces maladies.
Statistiques du Projet - Participants aux recherches - FAQ projet - FAQ Agent - Ecran de Veille
Pour participer au projet :
Guide D'installation et de mise en route de l'UD Agent
Protéome humain Repliement (projet lancé le 11 novembre 2004) : Le projet est terminé. World Community Grid attend avec intérêt de rapporter les résultats de ce projet. Les liens vers les résultats seront disponibles une fois que les chercheurs du projet Human Proteome Folding auront publié les résultats du projet dans un journal scientifique. Statistiques finales du projet - Participants aux recherches - forum
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VIENS TE BATTRE !
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31-01-2007 14:27
clic la 
t'y sera demain alors 
, on va faire un mega bond dans le classement 
